Hur man hittar det omvända komplementet av en dna-sekvens

Det omvända komplementet av en DNA-sekvens betecknar innehållet i den motsatta strängen i en DNA-molekyl. DNA-molekyler är konstruerade som sådana eftersom varje nukleotid har en komplementär nukleotid på den andra strängen till vilken en icke-kovalent bindning existerar.

Steg

Metod 1 av 2:
För hand
  1. Bild med titeln 7115146 1
1. Spåra genom sekvensen bakåt, från den sista nukleotiden i sekvensen.
  • Bild med titeln 7115146 2
    2. När du passerar över varje nukleotid, tillsätt dess komplementära nukleotid till nästa rad, som börjar den kompletterade strängen från den vänstra sidan av sidan. Kom ihåg, guanin (g) bindningar till cytosin (C) och adenin (A) bindningar till tymin (T).
    • Metod 2 av 2:
    Programmatiskt (Python 2)
    1. Bild med titeln 7115146 3
    1. Skapa eller acceptera en inmatningsfil. Denna artikel förutsätter att ingången är i Fasta format, med en enda sekvens per fil. Följande steg antar också att alla nukleotider är ATGC-baser.
  • Bild med titeln 7115146 4
    2. Läs i filen. För Fastaformat:
  • Kassera den första raden i filen.
  • Ta bort alla återstående newlines och andra efterföljande blankutrymme.
    • Def init (sekvens): med öppen (argv [1]) som ingång: sekvens = "".gå med ([linje.Strip () för linje i ingång.Readlines () [1:]]) retursekvens
  • Bild med titeln 7115146 5
    3. Skapa ett hashbord som kartlägger varje nukleotid till dess komplement.
    komplement = {`a`: `t`, `c`: `g`, `g`: `c`, `t`: `a`}
  • Bild med titeln 7115146 6
    4. Iterera genom sekvensen och använd en hashbordsuppslag för att konstruera den komplementära sekvensen. Omvänd den resulterande vektorn.
    DEF REVERSE_COMPLING (SEQ): Baser = [Complement [BASE] för bas i SEQ] Baser = Växlade (baser) Returbaser
  • Bild med titeln 7115146 7
    5. Skriv ut innehållet i vektorn.=
    Resultat = Omvänd_Complement (SEQ) Print `` `.gå med (resultat)

    • Tips

    Om du beräknar det omvända komplementet för hand, var noga med att dubbelkontrollera! Det kan vara lätt att sakna ett baspar eller använda fel komplement, speciellt om du läser en lång sekvens på papper.
    Dela på det sociala nätverket:
    Liknande