Hur man ritar en dipeptid vid ett visst pH: 9 steg (med bilder)

Denna guide kommer att ge en introduktion till definitioner, basiska aminosyror och ett exempel på hur man ritar en dipeptid. En dipeptid består av två aminosyrarester medan polypeptider består av mer än två. Dessa strukturer är viktiga eftersom de hjälper till att göra upp proteiner i kroppen och har också roller i reaktionsmekanismer. Genom att dra ryggraden och funktionella grupper kommer detaljerade steg att ges för att lära sig hur man ändrar de grupperna baserat på ett specifikt pH, en skala för att mäta surhet eller basicitet av en lösning. Genom att veta hur strukturen kommer att se ut under vissa förutsättningar, kommer det att ge eleverna en bättre förståelse för hur de används i reaktioner. Denna vilja hjälper också till att dra peptider bestående av mer än två aminosyror.

Steg

Del 1 av 3:

Lärdefinitioner och de grundläggande strukturerna.

1. Känna till de grundläggande definitionerna. En dipeptid är en organisk förening bestående av två aminosyror. Den har två komponenter, en ryggrad och bifogade funktionella grupper.

2. Lär dig de 20 grundläggande aminosyrorna. De 20 aminosyrorna kan hittas via en Internet-sökning. Lära sig sina strukturer, deras tre bokstäver förkortningar och deras funktionella grupper som senare kommer att användas för att ersätta "R" I grundstrukturen.

Del 2 av 3:

Ritning av den grundläggande dipeptiden

1. Rita en enda aminosyra. Varje amino börjar med en aminänd (NH3 +) och en karbonyländ (COO-). Börjar med aminänden, skriv "NH3+" Och därifrån, dra en rad upp till höger, vilket skapar en punkt som heter C1 för att representera kol 1. Då från C1, dra en linje ner och till höger för att skapa en annan punkt som heter C2. Slutligen, från C2 rita en linje upp till höger och i slutet av linjen skriv "O-". Vid C1 Rita en rad rakt upp och skriv "R" att representera en funktionell grupp som senare kommer att ersättas. Vid C2, dra två linjer rakt ner och skriv "O". Detta kompletterar en ritning av en enda aminosyra.

Bild med titeln Skärmskott 2021 02 20 vid 7,32,44 p.jpg

Bild med titeln Skärmskott 2021 02 20 vid 7.38.22 pm.jpg

2. Anslut två aminosyror. För att skapa en dipeptid måste de enkla aminosyrorna vara anslutna. Starta ritningen igen som anges i föregående steg, men på C2, dra linjen upp till höger och skriv "Nh" i slutet istället för "O". Därifrån, rita en linje och till höger för att skapa en punkt som heter C3. Vid C3 kommer en linje att dras upp till höger för att skapa en punkt som heter C4. Slutligen kommer en linje att dras ner till höger och i slutet av linjen skriv "O-". På C3, dra en rad rakt ner och skriv "R" , som senare kommer att ersättas med en funktionell grupp. Vid C4, dra två linjer rakt upp och skriva "O" i slutet. Detta kompletterar en ritning av en basisk dipeptid.

Del 3 av 3:

Lägger till de funktionella grupperna

1. Titta på förkortningen med tre bokstäver och välj rätt aminosyra. Exempelvis kommer dipeptidtyr-Lys att användas som ett exempel. De korrekta aminosyrorna dras nedan.

Bild med titeln Skärm Skott 2021 02 20 vid 8.37.44 pm.jpg

2. Byta ut "R" med de aminosyrafunktionella grupperna. Vid C1 kommer den funktionella gruppen Tyr att dras för att ersätta "R". Vid C3 kommer den funktionella gruppen av Lys att dras för att ersätta "R".

3. Vet hur pH ändrar slutar och funktionella grupper. Baserat på pH-pH är en dipeptid vid och den relativa PK_a värden, detta bestämmer om aminänden, karbonyländen och specifika funktionella grupper protoneras (H tillsatt) eller deprotoneras (H tas bort).

Om pH< pk_a, Då är det protonaterat. Om pH>pk_a, Då är det deprotonated. Ett bord av aminosyran pk_a Värden visas men fokus kommer att vara på PK_a av sidokedjorna som anges i rött.

Bild med titeln Skärm Skott 2021 02 26 kl 9.47.42 pm.jpg

1. Ändra slutar baserat på specifikt pH. PH-värdet i detta exempel kommer att vara pH 7. För aminänden, PK_a kommer alltid att vara 9. Eftersom pH_a, Den aminänden är protonerad och den kommer att förbli NH3 + (om det är avprotonat, det kommer att vara NH2). För karbonyländen, PK_a kommer alltid att vara 3. Eftersom pH>pk_a, Karbonyländen deprotoneras och det kommer att förbli o- (om det protoneras det blir OH).
2. Ändra funktionella grupper baserade på specifikt pH. Endast sura och grundläggande sidokedjor kommer att ändras såväl som polära aminosyror cystein och tyrosin. Se tabellen i del 3, steg 3.

PKa av Tyr = 10.07, pH_a Så det kommer att protoneras och förbli Oh (om det är avskilt det kommer att bli o-).PKa av lys = 10.79, pH_a, Den är protonerad så att det blir NH3 + (om det avstörs kommer det att vara NH2).

Slutligen har du genomfört en ritning av en dipeptid vid ett visst pH.

Bild med titeln Skärm Skott 2021 02 26 kl 9.15.10 pm.jpg

Tips

Dela på det sociala nätverket:

Hur man ritar en dipeptid vid ett visst ph

Steg

Tips